Mike Portnoy spiega Black Clouds and Silver Linings canzone per canzone.

PARTE I

LUOGO: Echo's Hill

TEMPO: 1928

PERSONAGGI: Julian: The Sleeper
Edward: The Miracle Victoria: Fidanzata di Julian

FATTI:
Julian e Edward sono gemelli come sappiamo da Metropolis Pt. 1. I due sono telepatici e percepiscono l'uno i sentimenti dell'altro. La differenza tra i due è che Edward è realizzato nella vita, è Senatore, mentre Julian è entrato nel tunnel del gioco d'azzardo e della droga.
Victoria è fidanzata con Julian ma "Lei voleva amore per sempre, Ma lui aveva altri piani, Lui è caduto in una brutta strada, Lei ha dovuto lasciarlo giù, Ha detto 'Non posso amare un uomo ribelle'". Cerca comprensione da Edward e ha una relazione con lui. Edward si è innamora di Victoria e non vuole più che lei si rimetta con il fratello. Ma Victoria si accorge che è ancora innamorata di Julian e così i due hanno un incontro segreto. Edward percepisce questo e così va a casa di Julian un venerdì sera, sfonda la porta e con due colpi di pistola lo ammazza. Victoria comincia ad urlare in preda al terrore. Edward le dice "Apri gli occhi Victoria" e ammazza anche lei. Julian in fin di vita solleva il volto di Victoria e canta "Un'ultima volta, giaceremo oggi ..." e poi ".. gli spiriti si innalzano al Cielo". Edward prima di uscire lascia una lettera nella tasca di Julian che porterebbe a pensare all'omicidio di Victoria e poi al suicidio e probabilmente Edward usa il suo potere politico per insabbiare il caso. Edward è l’unico testimone. Qui finisce il passato.

PARTE II

LUOGO: Studio psichiatrico

TEMPO: 1999

PERSONAGGI: Il terapista: Ipnotizza Nicholas nell'intento di liberarlo dagli incubi. Nicholas: Reincarnazione di Victoria.

FATTI:

Dopo circa 30/40 anni l'anima di Victoria si reincarna in Nicholas.
Nicholas è un uomo sposato con figli. E' sempre tormentato da incubi che gli ricordano la vita passata e vede "... attraverso i suoi occhi ..." (di Victoria). Nicholas ricorda tutto sul lettino del terapista tranne l'omicidio. Nell’ultimo atto "Finally Free" il terapista finisce l'ipnosi su Nicholas il quale prende la macchina e si dirige verso casa. Durante il tragitto si ricorda dell'intero omicidio. Arriva a casa, spegne l'auto, e si dirige verso l'ingresso. Prima di lui però era entrato a casa sua il terapista, che aveva acceso la TV (parlava di Jhon Fitgerald Kennedy Junior). Il terapista si nasconde dietro una porta scricchiolante e aspetta. Arriva Nicholas la spegne e si versa da bere. Nicholas accende il giradischi.  il terapista esce all’improvviso e dice "Apri gli occhi Nicholas", come Edward disse a Victoria.

“BLACK CLOUDS & SILVER LININGS” AD UN PRIMO ASCOLTO SUONA COME UN LAVORO ESTREMAMENTE OSCURO, PESANTE, QUASI RASSEGNATO AL PESSIMISMO. COSA VI HA PORTATI IN QUESTA DIREZIONE?

“In realtà noi non abbiamo scelto nulla a priori. Ciò che senti è ciò che ci è venuto spontaneo in questo periodo della nostra vita